Pada 22 September, 2001, atas desakan antarabangsa selepas serangan 9/11, Amiriah Arab Bersatu dan diikuti Arab Saudi menarik pengikhtirafan Taliban sebagai sebuah kerajaan sah Afghanistan, menyebabkan hanya Pakistan satu-satunya negara yang mengikhtiraf kerajaan Taliban, ketika Amerika Syarikat mempersalahkan Taliban atas serangan terhadap negara itu.

Amerika Syarikat dengan bantuan United Kingdom dan didorong oleh beberapa kerajaan pro Amerika yang lain, memulakan tindakan ketenteraan terhadap pihak Taliban pada Oktober 2001. Matlamat yang dinyatakan adalah untuk menjatuhkan pihak Taliban daripada berkuasa kerana keengganan Taliban untuk menyerahkan Osama bin Laden di atas pembabitannya dengan serangan 11 September, dan sebagai tindakan balas keatas bantuan Taliban kepada nya.

Tetapi sebenarnya apa yang berlaku adalah pihak Taliban sebenarnya telah menuntut pihak Amerika agar menyerahkan bukti sebelum mereka menyerahkan Osama bin Laden, tetapi tidak diendahkan oleh Amerika Syarikat. Sebahagian besar serangan darat dilakukan oleh Perikatan Utara, baki unsur dari pasukan anti Taliban yang telah ditumpaskan oleh Taliban beberapa tahun sebelumnya.

Mazar-i-Sharif jatuh ke tangan pasukan US-Pakatan Utara pada 9 November, mendorong kepada wilayah-wilayah ditawan dengan tentengan minima, dan banyak pasukan tempatan bertukar pihak daripada Taliban kepada Perikatan Utara. Pada malam 12 November, pihak Taliban berundur ke selatan dengan cara teratur dari Kabul. Pada 15 November, mereka melepaskan 8 orang pekerja bantuan barat selepas 3 bulan dalam tahanan.

Majlis Keselamatan PBB, pada 16 Januari 2002, bersetuju sepenuh suara mengadakan sekatan senjata dan pembekuan harta-harta yang dapat dikenal pasti kepunyaan Osama bin Laden, Al-Qaida, dan baki Taliban.

Pihak Taliban kemudiannya berundur dari Kandahar, dan berkumpul semula di sempadan wilayah antara Afghanistan dan Pakistan. Kebanyakan pejuang Taliban sebelum pencerobohan adalah rekrut baru, sekali lagi diambil daripada madrasah di Pakistan.

Pada 6 Disember 2003, Taliban telah menculik dua pekerja India di selatan Afghanistan. Pada 20 Disember 2003, Taliban menawarkan pembebasan mereka untuk pertukaran dengan 50 militan. Kemudian pada 24 Disember, pihak Taliban telah melepaskan mereka tanpa syarat.

Pada September 2006, Amiriah Islam Waziristan, satu sekutuan ketua suku kaum Waziristan yang mempunyai hubungan rapat dengan Taliban, diakui oleh kerajaan Pakistan sebagai angkatan keselamatan de facto yang berkuasa di utara dan selatan Waziristan. Pengiktirafan ini merupakan sebahagian pesetujuan untuk mengakhiri Perang Waziristan yang telah mengorbankan ramai anggota Tentera Darat Pakistan sejak awal 2004.

Pada 30 Jun 2009, Taliban menarik diri dari perjanjian damai dengan Pakistan untuk membantah serangan udara oleh dron Amerika Syarikat yang masih berterusan.[2] Tidak lama selepas pengumuman itu, kira-kira 150 militan menyerang konvoi tentera Pakistan berhampiran Miramshah, membunuh kira-kira 30 orang askar.[2]